Η Επανάσταση του Θερίσου ξεκίνησε στις 10 Μαρτίου 1905, από το χωριό Θέρισο Χανίων, με αρχηγό της επανάστασης τον Ελευθέριο Βενιζέλο, με αφορμή για τους επαναστάτες την επιθυμία για ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα.
Η αυταρχική πολιτική του Πρίγκηπα Γεωργίου ως ύπατου αρμοστή της Κρήτης, είχε δυσαρεστήσει πολλούς με αποτέλεσμα να δημιουργηθεί μια ισχυρή αντιπολίτευση με κεντρικό πρόσωπο τον Ελευθέριο Βενιζέλο. Οι εκπρόσωποι της αντιπολίτευσης συνέταξαν και υπέγραψαν προκήρυξη την 26η Φεβρουαρίου 1905 με την οποία ζητούσαν μεταβολή του Συντάγματος.
Συγκεκριμένα:«Οι υπογεγραμμένοι, αποτελούντες την ηνωμένην εν Κρήτη αντιπολίτευσιν, συνελθόντες εν Χανίοις τη 26η Φεβρουαρίου 1905, αποσκοπούντες εις την εκπλήρωσιν του Εθνικού Προγράμματος, αποφασίζομεν: α) Πρώτον και κύριον μέλημα ημών έστω η επίτευξις του από αιώνων επιδιωκομένου σκοπού της ενώσεως της Κρήτης μετά της ελευθέρας Ελλάδος.β) Αδυνάτου αποβαίνοντος του σκοπού τούτου, θέλομεν επιδιώξει την πολιτικήν προσέγγισιν της πατρίδος μας προς την ελευθέραν Ελλάδα, μεταβαλλομένης από διεθνούς απόψεως της σημερινής καταστάσεως. γ) Μη εκπληρωμένου μηδέ του σκοπού τούτου, θέλομεν επιδιώξει την αναθεώρισιν του ημετέρου συντάγματος κατά το πρότυπον του ελληνικού, όπως απαλλαγή ο τόπος του δεσποτισμού. Του προγράμματος τούτου την πραγμάτωσιν θέλομεν επιδιώξει και δι’ ενόπλων λαϊκών συναθροίσεων. Εν ταις ενεργείαις ημών δεν θέλομεν επιδιώξει προσωπικήν μεταβολήν, αλλ’ επελθούσης τοιαύτης θέλομεν αποκρούσει παντί σθένει και δια των όπλων έτι πάντα μη Έλληνα κυβερνήτην.»
Η επανάσταση εκδηλώθηκε στις 10 Μαρτίου του 1905 και έμεινε γνωστή ως Επανάσταση του Θερίσου. Οι προκηρυχθείσες εκλογές της 20ης Μαρτίου του ίδιου έτους για την ανάδειξη 64 βουλευτών, στους οποίους θα προσετίθεντο 10 επιπλέον με απευθείας ανάθεση από τον Πρίγκηπα, καταγγέλθηκαν από την αντιπολίτευση. Έτσι κάλεσαν τον λαό σε αποχή, εκφράζοντας έτσι την αντίθεση στα ανελεύθερα μέτρα του Πρίγκηπα και στην εκλογική βία. Έτσι κηρύχθηκε ένοπλος αγώνας κατά της Αρμοστείας στο χωριό Θέρισο όπου συγκεντρώθηκαν οι αντιπολιτευόμενοι. Από εκεί, την 11η Μαρτίου, κηρύχθηκε η ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα και υψώθηκε η ελληνική σημαία. Το νέο επαναστατικό κίνημα μετρούσε 1.000 περίπου άνδρες και είχε επικεφαλής τον Ελευθέριο Βενιζέλο και συνεργάτες τους Κωνσταντίνο Φούμη, Κωνσταντίνο Μάνο ενώ καθοριστική υπήρξε και η συμβολή του τοπικού παράγοντα Ιωάννη Σφακιανάκη.
Η οικία όπου στεγάστηκε το αρχηγείο της επανάστασης του Θερίσου (νυν μουσείο )
Η επανάσταση επεκτάθηκε με γρήγορους ρυθμούς, με την προσχώρηση τοπικών παραγόντων και πολεμιστών. Στο Ηράκλειο ο Α. Στεργιάδης και ο Εμμ. Πολυχρονίδης, στο Ρέθυμνο ο επίσκοπος Διονύσιος Καστρινογιαννάκης και ο Ιωάννης Τσουδερός και στο Λασίθι ο επίσκοπος Πέτρος Τίτος και ο Μ.Σφακιανάκης ενώ ψηφίσματα συμπαράστασης έφταναν από όλη την Κρήτη. Από την άλλη πλευρά ο Πρίγκηπας είχε υπό την επιρροή του μόνο τη ντόπια χωροφυλακή, χωρίς όμως την απόλυτη αφοσίωσή της.
Οι αντιπρόσωποι των Δυνάμεων δεν ενθάρρυναν τη βίαιη καταστολή της επανάστασης, αντιθέτως με τον Πρίγκηπα Γεώργιο, αναζήτησαν τρόπους ειρηνικής επίλυσης των διαφορών. Μοναδική εξαίρεση ήταν η Ρωσία που υποστήριζε φανερά τον Πρίγκηπα. Η έκρηξη και η εδραίωση της επανάστασης οδήγησαν τον πρίγκηπα σε λήψη σπασμωδικών μέτρων και η κατάσταση πήρε τη μορφή εμφυλίου πολέμου. Η αναμέτρηση περιορίστηκε σε μικροσυμπλοκές στην περιοχή των Χανίων, με ελάχιστα θύματα.
Στις 15 Ιουλίου και κατά τη συνάντηση της επαναστατικής τριανδρίας (Βενιζέλος, Φούμης, Μάνος) με τους εκπρόσωπους των Προστάτιδων Δυνάμεων, στις Μουρνιές, ο Βενιζέλος μετέθεσε το επίκεντρο των επαναστατικών αξιώσεων σε πεδίο πρόσφορο να επιτρέψει το συμβιβασμό. Σε απόρρητη επιστολή του γράφει: «Διαρκούσης της μακράς αυτής συνδιαλέξεως, επωφεληθείς περιστάσεώς τινος είπον ότι κατά την γνώμην μου λυσιτελέστατος τρόπος ενεργείας θα ήτο εν προκειμένω, εάν οι Δυνάμεις αντί να ζητούν να αποκαταστήσουν προσωρινώς το καταρρεύσαν καθεστώς, όπερ ημείς ως απεδείχθη θ΄αποκρούσωμεν διά της βίας, και ύστερον να μελετήσουν τας εισακτέας μεταρρυθμίσεις, απεφάσιζον να αποστείλουν την επιτροπήν, περί ης καί άλλοτε εγένετο λόγος και διαρκούσης της συνδιαλέξεως, την εντεταλμένην να μελετήση τας εισακτέας μεταρρυθμίσεις και αφού λάβη υπ’όψιν το πόρισμα της μελέτης αυτής να προκηρύξουν αυτάς και καλέσουν τον κρητικόν λαόν να τας αποδεχθή».
Στις 15 Νοεμβρίου, με την τελική συμφωνία ανάμεσα στους επαναστάτες και τις Προστάτιδες Δυνάμεις, εξασφαλιζόταν ο τερματισμός του ένοπλου αγώνα με βάση την παροχή αμνηστίας, την επίβλεψη της αρμοστειακής διοίκησης από τις διεθνείς αρχές και την κάθοδο εξεταστικής επιτροπής στην Κρήτη.
Η Διεθνής επιτροπή που κατέφθασε στην Κρήτη το Φεβρουάριο του 1906 ανέλαβε την εξέταση του θέματος και την υποβολή έκθεσης. Οι Μεγάλες Δυνάμεις κατέληξαν έπειτα από διαβουλεύσεις σε νέα ρύθμιση του Κρητικού Ζητήματος. Το οριστικό κείμενο το οποίο επιδόθηκε στον Πρίγκηπα Γεώργιο στις 23 Ιουλίου 1906 προέβλεπε την οργάνωση Κρητικής Χωροφυλακής με νέα σύσταση, την ίδρυση Κρητικής Πολιτοφυλακής με Έλληνες αξιωματικούς και την ανάκληση ξένων στρατευμάτων μετά την αποκατάσταση της εσωτερικής ειρήνης.
Τα μέτρα της επιτροπής απέρρεαν από δύο βασικά πορίσματα: ότι καμία λύση δεν θα ήταν βιώσιμη, εκτός από την ένωση, και ότι η στάση του Πρίγκηπα Γεωργίου εμπόδιζε την ομαλή προσωρινή διαρρύθμιση της εσωτερικής πολιτικής ζωής στην Κρήτη. Βάσει αυτών των πορισμάτων εκχωρήθηκε και στον Έλληνα Βασιλιά το δικαίωμα να διορίζει τον ύπατο αρμοστή. Ως αποτέλεσμα του δικαιώματος αυτού, και σε εφαρμογή το,υ ο Βασιλιάς Γεώργιος Α’ θα αντικαταστήσει τον δευτερότοκο γιο του με τον Αλέξανδρο Ζαΐμη.
Με την άφιξη του νέου αρμοστή τα πράγματα ηρέμησαν και σύντομα ο οριστική εκκαθάριση των καταλοίπων της κρίσης συνοδεύτηκε και από την Β’ Συντακτική Συνέλευση η οποία ανέλαβε την εκπόνηση νέου Συντάγματος.
