Η Γενοκτονία των Ποντίων θεωρείται μια από τις πρώτες σύγχρονες γενοκτονίες. Η γενοκτονία ήταν ένα προμελετημένο έγκλημα, το οποίο η κυβέρνηση των Νεότουρκων έφερε σε πέρας με συστηματικότητα. Οι μέθοδοι που χρησιμοποίησε ήταν ο ξεριζωμός, η εξάντληση στις κακουχίες, τα βασανιστήρια, η πείνα και η δίψα, και τα στρατόπεδα θανάτου στην έρημο.
Ένα εκλεκτό τμήμα του Ελληνισμού ζούσε στα βόρεια της Μικράς Ασίας, στην περιοχή του Πόντου, μετά τη διάλυση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Η άλωση της Τραπεζούντας το 1461 από τους Οθωμανές δεν τους αλλοίωσε το φρόνημα και την ελληνική τους συνείδηση, παρότι ζούσαν αποκομμένοι από τον εθνικό κορμό. Μπορεί να αποτελούσαν μειονότητα -το 40% του πληθυσμού, αλλά γρήγορα κυριάρχησαν στην οικονομική ζωή της περιοχής, ζώντας κυρίως στα αστικά κέντρα.
Η οικονομική τους ανάκαμψη συνδυάστηκε με τη δημογραφική και την πνευματική τους άνοδο. Το 1865 οι Έλληνες του Πόντου ανέρχονταν σε 265.000 ψυχές, το 1880 σε 330.000 και στις αρχές του 20ου αιώνα άγγιζαν τις 700.000. Το 1860 υπήρχαν 100 σχολεία στον Πόντο, ενώ το 1919 υπολογίζονται σε 1401, ανάμεσά τους και το περίφημο Φροντιστήριο της Τραπεζούντας. Εκτός από σχολεία διέθεταν τυπογραφεία, περιοδικά, εφημερίδες, λέσχες και θέατρα, που τόνιζαν το υψηλό τους πνευματικό επίπεδο.
Πριν από τον όρο «Γενοκτονία» υπήρχε ο όρος «Εγκλήματα κατά της Ανθρωπότητας». Η γενοκτονία ως όρος διαμορφώθηκε κυρίως στη δίκη της Νυρεμβέργης το 1945, όπου δικάστηκε η ηγεσία των ναζιστών εγκληματιών του πολέμου. Συγκεκριμένα ο όρος σημαίνει τη μεθοδική εξολόθρευση, ολική ή μερική, μιας εθνικής, φυλετικής ή θρησκευτικής ομάδας. Πρόκειται για ένα πρωτογενές έγκλημα, το οποίο δεν έχει συνάρτηση με πολεμικές συγκρούσεις. Ο γενοκτόνος δεν εξοντώνει μια ομάδα για κάτι που έκανε, αλλά για κάτι που είναι. Στην περίπτωση των Ελλήνων του Πόντου, επειδή ήταν Έλληνες και Χριστιανοί.
Το 1915 ήταν μια χρονιά ορόσημο για τον Ποντιακό Ελληνισμό της Μικράς Ασίας. Τη χρονιά εκείνη, και ενώ όλα τα ευρωπαϊκά κράτη είχαν εμπλακεί στον Α’ Παγκόσμιο Πόλεμο, οι Τούρκοι εκπόνησαν ένα σχέδιο εξόντωσης των χριστιανικών πληθυσμών της Μικράς Ασίας. Τον Ιούνιο πραγματοποιήθηκε η εξορία και στη συνέχεια η σφαγή των Αρμενίων, ενώ αρχίζουν οι πρώτες βιοπραγίες εναντίον του ποντιακού στοιχείου. Τον Δεκέμβριο του 1916 εκπονήθηκε από τους Τούρκους στρατηγούς Εμβέρ και Ταλαάτ σχέδιο εξόντωσης του άμαχου ελληνικού πληθυσμού του Πόντου που προέβλεπε: «Αμεση εξόντωση μόνον των ανδρών των πόλεων από 16-60 ετών και γενική εξορία όλων των ανδρών και γυναικόπαιδων των χωριών στα ενδότερα της Ανατολής με πρόγραμμα σφαγής και εξόντωσης».
Το πρόγραμμα ξεκίνησε 15 ημέρες αργότερα και εφαρμόστηκε κυρίως στις περιοχές της Σαμψούντας και της Πάφρας. Η περιοχή της Τραπεζούντας είχε γλυτώσει από τη μανία των Τούρκων διότι είχε καταληφθεί τον Απρίλιο του 1916 από τον ρωσικό στρατό. Όταν όμως οι Ρώσοι εγκατέλειψαν την πόλη τον Φεβρουάριο του 1918, τότε ο μισός περίπου πληθυσμός της περιοχής εγκατέλειψε τις εστίες του και ακολούθησε τον ρωσικό στρατό κατά την υποχώρησή του. Οι περισσότεροι από τους πρόσφυγες εγκαταστάθηκαν στην περιοχή του Καυκάσου και των παραλίων της Γεωργίας. Οι Πόντιοι πίστεψαν ότι το τέλος του Α’ Παγκοσμίου Πολέμου θα έφερνε και οριστικό τέρμα στα δεινά τους, αλλά διαψεύσθησαν…
Οι εκκλήσεις τους για να συμπεριληφθούν στο ελληνικό κράτος δεν εισακούστηκαν από τον Ελευθέριο Βενιζέλο, ο οποίος θεωρούσε ότι ο Πόντος ήταν πολύ απομακρυσμένος από τις υπόλοιπες ελληνικές περιοχές με αποτέλεσμα να είναι αδύνατη η υπεράσπισή του από τις τουρκικές επιδρομές. Σε αντάλλαγμα πρότεινε να προχωρήσουν οι Πόντιοι στη δημιουργία μιας ομοσπονδίας με τους Αρμένιους, και πράγματι ο αρχιεπίσκοπος Τραπεζούντας Χρύσανθος Φιλιππίδης και ο πρόεδρος των Αρμενίων Αλέξανδρος Χατισιάν υπέγραψαν τον Ιανουάριο του 1920 συμφωνία για τη δημιουργία Ποντοαρμενικού κράτους.
Ομως τον Νοέμβριο του 1920 ο αρμενικός στρατός ηττήθηκε στο Ερζερούμ από τις δυνάμεις του Κεμάλ με αποτέλεσμα να συνθηκολογήσουν οι Αρμένιοι και να μείνουν οι Πόντιοι μόνοι τους. Έκτοτε και μέχρι τον Αύγουστο του 1922 ο Κεμάλ, έχοντας εκκαθαρίσει τα δευτερεύοντα μέτωπα στη Μικρά Ασία, προχώρησε ανενόχλητος στη σταδιακή εξόντωση του Ποντιακού Ελληνισμού. Οι πόλεις και τα χωριά κάηκαν, οι χωρικοί σφάχτηκαν, ατιμάστηκαν, εξορίστηκαν ή έφευγαν ομαδικά στα δάση και στα βουνά. Όσοι άνδρες συλλαμβάνονταν προωθούνταν στο εσωτερικό της Μικράς Ασίας. Υπολογίζεται ότι στο διάστημα 1914-1922 εξοντώθηκαν περίπου 200.000 Πόντιοι.
Οι Τούρκοι εκτόπιζαν και εξόριζαν τους Έλληνες μέσα στην βαρύτερη κακοκαιρία, χωρίς να τους επιτρέψουν να παραλάβουν ούτε τρόφιμα, ούτε στρώματα. Τα κυβερνητικά όργανα που συνόδευαν τους εκτοπιζόμενους δεν επέτρεπαν στα θύματά τους να σταθμεύουν σε κατοικημένα μέρη, αλλά μόνο σε μέρη έρημα και εκτεθειμένα στις χειμερινές συνθήκες.
Ο σκοπός ήταν διπλός: Πρώτα να μην μπορούν να στεγασθούν και έπειτα να μην μπορούν να αγοράσουν τρόφιμα. Δεν επέτρεπαν για κανένα λόγο να δώσουν βοήθεια στους γέρους γονείς ή στα ανήλικα παιδιά και στους αρώστους, οι οποίοι εγκαταλείπονταν στα φαράγγια και στα δάση και πέθαιναν από την πείνα ή αποτελειώνονταν από την λόγχη των Τούρκων.
Σε διάφορα μέρη της χώρας ιδρύθηκαν λουτρώνες δήθεν για στρατιωτικούς λόγους. Τα κυβερνητικά και αστυνομικά όργανα που οδηγούσαν τους μετατοπιζόμενους εξανάγκαζαν τους δυστυχείς για λόγους δήθεν υγιεινής να λουστούν. Έβαζαν κατά εκατοντάδες άνδρες, γυναίκες και παιδιά στα λουτρά, γυμνούς με θερμοκρασία 40 βαθμών.
Τα ενδύματα των δυστυχών ελεηλατώντο. Όταν έβγαιναν από το λουτρό, τους εξανάγκαζαν να παρατάσσονται στο χιόνι και με θερμοκρασία κάτω του μηδενός και να περιμένουν επίσκεψη του αστυνόμου για καταμέτρηση, ο οποίος ποτέ δεν ερχόταν πριν από μία ώρα. Επειτα άλλη μία ώρα περίμεναν το γιατρό για ιατρική επιθεώρηση. Κατά την επιθεώρηση χαρακτηρίζονταν άρρωστοι οι νεώτεροι και υγιέστεροι, οι οποίοι θανατώνονταν κατά την αποστολή στο νοσοκομείο.»
Από την έκρηξη του Α παγκοσμίου πολέμου (1914) ως την μικρασιατική καταστροφή (1922), οι Νεότουρκοι με τα σκληρά μέτρα που έλαβαν εναντίον των Ελλήνων του Πόντου με τη μέθοδο των εξοριών, βιασμών, σφαγών, εξανδραποδισμών και απαγχονισμών (κατά τον Πανάρετο Τοπαλίδη) εξόντωσαν:
α. κατά την περίοδο 1914-1918 170.576 Ποντίους
β. κατά την περίοδο 1918-1922 119.122 Ποντίους
δηλαδή συνολικά 289.698 Ποντίους
ποσοστό δηλαδή 41,56% σε σύνολο 697.000 Ελλήνων κατοίκων, ενώ κατά τον Γ.Βαλαβάνη οι απώλειες των Ποντίων σύμφωνα με τη Μαύρη Βίβλο του Κεντρικού Συμβουλίου των Ποντίων στην Αθήνα ανέρχονται σε 303.238 ως το 1922, και 353.000 ως το Μάρτιο του 1924, ποσοστό που ξεπερνάει το 50% του ολικού πληθυσμού των Ελλήνων του Πόντου.