Το πατρικό σπίτι του Ελευθερίου Βενιζέλου στη Χαλέπα Χανίων αποτέλεσε τη στέγη της ζωής του επί 30 και πλέον χρόνια, από το 1880 μέχρι το 1910 και αργότερα κατά διαστήματα από το 1927 μέχρι το 1935.
Το 1876 ο πατέρας του Ελευθερίου Βενιζέλου, Κυριάκος, αγοράζει το οικόπεδο, που βρίσκεται στο κέντρο της Χαλέπας. Kατά την περίοδο της Κρητικής Πολιτείας στη Χαλέπα βρίσκονται οι κατοικίες της αστικής τάξης, η κατοικία του πρίγκιπα Γεωργίου, Ύπατου Αρμοστή Κρήτης και οι πρεσβείες των Μεγάλων Δυνάμεων.
Στο δίπατο σπίτι, σύμφωνα με το αρχικό σχέδιο του 1880, με τους βοηθητικούς χώρους και τα υπνοδωμάτια στο ισόγειο, και τις αίθουσες υποδοχής στον όροφο, εκτός της εσωτερικής ξύλινης σκάλας οδηγεί, κατ’ ευθείαν από τον κήπο, και πέτρινη εξωτερική με δύο σκέλη. Μετά τον θάνατο του Κυριάκου Βενιζέλου το σπίτι στεγάζει τον γιο του Ελευθέριο και την οικογένεια του. Εδώ γεννιούνται οι δύο γιοί του, Κυριάκος και Σοφοκλής και πεθαίνει η πρώτη του σύζυγος, Μαρία.
Με την ανάληψη της πρωθυπουργίας της Ελλάδας το 1910 ο Ελευθέριος Βενιζέλος φεύγει για την Αθήνα και το σπίτι ενοικιάζεται κυρίως σε συγγενικά του πρόσωπα, ξένους διπλωμάτες και Κρήτες πολιτικούς (Ρώσοι αξιωματικοί, Λουμπάνσκυ, Πλουμιδάκης, γραφείο Κυριάκου Κ. Μητσοτάκη), οι οποίοι και τον φιλοξενούν όταν επισκέπτεται τα Χανιά.
Η οικία αλλάζει μορφή το 1927, όταν ο Ελευθέριος Βενιζέλος επιστρέφει από το Παρίσι στα Χανιά και προβαίνει στη ριζική ανακαίνισή της. Το σπίτι φέρει την προσωπική του σφραγίδα και όλοι οι χώροι έχουν διατηρήσει μέχρι και σήμερα την αυθεντική τους μορφή, αυτή που είχαν την εποχή που κατοικούσε στο σπίτι ο Ελευθέριος Βενιζέλος. Πρόκειται επομένως για τον προσωπικό «ιδανικό» του χώρο. Έπιπλα της δεκαετίας του 1925-’35 διαλεγμένα από τον ίδιο το Βενιζέλο και τη δεύτερη σύζυγό του Έλενα Σκυλίτση, που ήρθαν από την Αθήνα και το εξωτερικό, κινητά, διακοσμητικά αντικείμενα και πίνακες εποχής, πρωτότυπες φωτογραφίες, προσωπικά του αντικείμενα ιδιαίτερα σημαντικής αξίας κοσμούν το εσωτερικό του σπιτιού.
Τα χρόνια από τον θάνατό του (1936) μέχρι και την έναρξη του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου το σπίτι κατοικείται από τους γιους του. Το 1941, κατά τη διάρκεια της Μάχης της Κρήτης, το σπίτι βομβαρδίζεται. Οι Γερμανοί το αναστηλώνουν και το χρησιμοποιούν ως στρατηγείο και κατοικία του εκάστοτε Γερμανού Διοικητή του Φρουρίου Κρήτης. Κατά τη διάρκεια της Κατοχής το σπίτι υπέστη σοβαρές φθορές, βανδαλισμούς και κλοπές μεγάλης αξίας, κυρίως επίπλων και αντικειμένων.
Μετά την απελευθέρωση ο Σοφοκλής Βενιζέλος αναλαμβάνει την πρώτη αποκατάσταση του κτιρίου, κυρίως εξωτερικά. Αργότερα, μετά τον θάνατό του, υπό την εποπτεία της Μαρίκας Βενιζέλου, γυναίκας του γιου του Ελευθερίου Βενιζέλου, Κυριάκου, έγιναν κάποιες βελτιώσεις κυρίως στους εσωτερικούς χώρους. Στη συνέχεια το σπίτι της Χαλέπας περιήλθε στον Νικήτα Βενιζέλο, εγγονό του Ελευθερίου Βενιζέλου.
Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών & Μελετών «Ελευθέριος Κ. Βενιζέλος»,
Το 2002 το Υπουργείο Οικονομικών αγόρασε το σπίτι και το παραχώρησε στο Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών και Μελετών «Ελευθέριος Κ. Βενιζέλος», που έκτοτε αποτελεί την έδρα του.
Τον Μάιο του 2012, το Υπουργείο Πολιτισμού & Τουρισμού και ο Ελληνικός Οργανισμός Τουρισμού ανέλαβαν, με χρηματοδότηση από το ΕΣΠΑ, το έργο της στατικής αποκατάστασης και της μετατροπής της οικίας σε σύγχρονο μουσείο.
Το έργο, προϋπολογισμού 2.070.000 ευρώ, περιελάμβανε την ενίσχυση της στατικής επάρκειας του κελύφους του κτιρίου και μορφολογική του αποκατάσταση. Ακόμη περιλάμβαναν γενικευμένες αντικαταστάσεις και αποκαταστάσεις δαπέδων και εσωτερικών και εξωτερικών κουφωμάτων, χρωματισμό της οικίας ειδικών προδιαγραφών και άλλες απαραίτητες εργασίες αναστήλωσης.
Οι εργασίες ξεκίνησαν τον Μάιο του 2012 και το αναμορφωμένο Mουσείο υποδέχθηκε τους πρώτους επισκέπτες της το καλοκαίρι του 2015. Τα επίσημα εγκαίνια έγιναν την 1η Νοεμβρίου 2015 από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας Προκόπη Παυλόπουλο.
Το Μουσείο αποτελεί πλέον ένα σημαντικό αξιοθέατο για τον τουρισμό της Κρήτης, το οποίο επεκτείνει το τουριστικό προϊόν που προσφέρει η περιοχή σε νέες θεματικές. Επιπλέον προσφέρει σημαντικό επιμορφωτικό έργο σε σχολεία και μαθητές, αξιοποιώντας την σύγχρονη τεχνολογία.
Πλέον λειτουργεί σύμφωνα με σύγχρονες μουσειακές τεχνολογίες και εξοπλισμό, ενώ προβλέπεται η μελλοντική διασύνδεσή του και με άλλα μουσειακά συγκροτήματα της χώρας και του εξωτερικού.
Η παρέμβαση είχε ισχυρό πολιτιστικό χαρακτήρα αναδεικνύοντας την οικία και το περιεχόμενό της και καθιστώντας προσιτή στο ευρύ κοινό μια από τις σημαντικότερες περιόδους της ελληνικής ιστορίας (1864-1936), την οποία καθόρισε με την παρουσία του ο Ελευθέριος Βενιζέλος, ως η σημαντικότερη πολιτική φυσιογνωμία της νεότερης Ελλάδας. Επιπλέον, αποτελεί κίνητρο για την επίσκεψη στο μουσείο και συμβάλλει στη γενικότερη καλλιέργεια του Έλληνα και ξένου επισκέπτη, ερευνητή, μαθητή, ο αριθμός των οποίων παρουσιάζει αυξητική τάση τα τελευταία έτη, ιδιαίτερα τους θερινούς μήνες.