Η ενορία υπήρχε από τους πρώτους αιώνες του Χριστιανισμού ίσως με άλλη ονομασία, όμως την σημερινή μορφή και ονομασία της πήρε το έτος 1865, τότε που οικοδομήθηκε εκ θεμελίων ο περικαλλής ενοριακός Ναός της στο όνομα της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος και του Αγίου Σπυρίδωνος. Με πρωτοβουλία του τότε Επισκόπου κυρού Παρθενίου Μπιτσάκη, με τη βοήθεια του τότε τοπικού προέδρου, ονόματι Δαρατσινού, και άλλων προεστών και χριστιανών του τόπου και μετά από άδεια των τουρκικών αρχών οικοδομήθηκε ο σημερινός ναός της ενορίας.
Ο Γερμανός περιηγητής Λίχερ σημειώνει «περνώντας από την Κρήτη τον Μάιο του έτους 1865 συνάντησα στην Κίσαμο Χανίων την οικοδομή περικαλέστατου Ορθόδοξου Χριστιανικού Ναού, αλλά και τη μεγάλη προθυμία των κατοίκων για την οικοδόμησή του». Ο Ναός περατώθηκε σε τρία χρόνια και έγιναν τα εγκαίνιά του. Είναι κατασκευασμένος από πέτρα, ασβέστη και ειδικό κοκκινόχωμα, τα οποία αντέχουν στην φθορά του χρόνου, και διατηρούν το οικοδόμημα άφθαρτο και αιώνιο.
Το έτος 1911 κατασκευάσθηκε στο ναό ο γυναικωνίτης καθώς και το ωραίο πέτρινο κωδωνοστάσιο «καμπαναριό» στο οποίο βρίσκονται οι πέντε καμπάνες του. Η μεσαία και μεγαλύτερη της οποίας ο ήχος ακούγεται σ’ όλη την πόλη αλλά και τα τριγύρω χωριά, ζυγίζει ένα τόνο, είναι αφιέρωμα του Γ. Χουδαλάκη και κατασκευάστηκε στη Ρωσία. Ο Ναός είναι ρυθμού τρίκλιτου βασιλικού και η οροφή του στηρίζεται σε τέσσερις μαρμάρινες κολώνες, παρμένες από αρχαίο ρωμαϊκό θέατρο της Κισάμου. Ευρίσκεται στην βόρεια πλευρά της πόλεως και είναι κτισμένος στα ερείπια μικρότερου που κατεδάφισε πιθανότατα η μανία των Τούρκων τα πρώτα χρόνια της υποδούλωσης της χώρας και του νησιού μας.
Το εσωτερικό του Ναού είναι άριστα διακοσμημένο από παλαιά και νεότερα ξυλόγλυπτα και εικόνες, οι δε τοίχοι του αγιογραφημένοι με βυζαντινές τοιχογραφίες Κρητικής τέχνης από τον Κισαμίτη καλλιτέχνη αγιογράφο Νίκο Γιαννακάκη το έτος 1996.
ΙΕΡΑ ΚΕΙΜΗΛΙΑ
Εκτός των πολλών Ιερών Λειψάνων διαφόρων Αγίων της Εκκλησίας μας, η ενορία μας φυλάγει ως ιερό κειμήλιο, αγίασμα σεπτό και πλούτο θαυμαστό την Ιερή και θαυματουργή Εικόνα του Αγίου Σπυρίδωνος. Κατά την Κρητική επανάσταση του 1889 και ενώ ο Ναός βεβηλώθηκε και λεηλατήθηκε, όλες οι εικόνες και τα ιερά αντικείμενά του περιυβρίσθηκαν, κάηκαν και καταστράφηκαν από τη μανία των Τούρκων, η εικόνα αυτή θαυματουργικώς διασωθείσα άπειρα τελεί σημεία και θαύματα. Η περίπυστος αυτή εικόνα κατασκευάστηκε στην Ρωσία από Ρώσο αγιογράφο το έτος 1887 με δαπάνη του μακαριστού Κισαμίτη Ιωάννου Ροκάκη. Σήμερα ευρίσκεται καλυμμένη από πολύτιμο ασημένιο πουκάμισο, αφιέρωμα ανώνυμου χριστιανού, και πάνω της ευρίσκονται πάμπολλα τιμαλφή αφιερώματα κληρικών και λαϊκών, καθώς και άλλα τα οποία έχουν όλα το σχήμα του θεραπευθέντος μέλους ασθενών και πονεμένων που αισθάνθηκαν ανακούφιση ή θεραπεύτηκαν χάρη στην επέμβαση και μεσιτεία του μεγάλου Πατέρα και Αγίου μας.
Στην κάτω δεξιά γωνία της Εικόνας είναι χαραγμένη επιγραφή η οποία αναφέρει εν συντομία την ιστορία της αλλά και την συνεχή θαυματουργική επέμβαση του Αγίου στον τόπο και το λαό του.
ΤΟ ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΤΗΣ ΕΝΟΡΙΑΣ
Χρέος και ιερό καθήκον θεωρούμε την διαφύλαξη του εκκλησιαστικού μας πλούτου και της εθνικής μας κληρονομιάς. Δεν μπορεί να υπάρχει πολιτισμένος λαός και έθνος το οποίο δεν σέβεται, δεν αξιοποιεί και δεν φυλάσσει τους θησαυρούς του παρελθόντος, οι οποίοι είναι το πρόσωπο και ο πολιτισμός του στο παρόν και το μέλλον.
Αναλογιζόμενη αυτό το χρέος και η ενορία μας με μεγάλο σεβασμό ανέγειρε το εκκλησιαστικό της μουσείο, στο οποίο εκθέτει και φυλάγει ιερά κειμήλια και πνευματικούς θησαυρούς που απέμειναν από τους ιερόσυλους του παρελθόντος και σημαδεύουν τον πολιτισμό του τόπου.
Στο ενοριακό μουσείο μας φυλάσσονται εικόνες διαφόρων τεχνοτροπιών και εποχών, οι οποίες απαρτίζουν ενδιαφέρουσες ομάδες και καλύπτουν μια περίοδο τουλάχιστο δυο αιώνων. Το μουσείο κοσμούν ακόμα ιερά σκεύη καλής τέχνης, (σταυροί ευλογίας και αγιασμού, δισκοπότηρα, θυμιατά, κηροπήγια, αντιμήνσια) και λειτουργικά βιβλία του 19ου και 20ου αιώνα με πολυτιμότερο το ιερό ευαγγέλιο του 1818, γραμμένο σε ειδική γραφή, καθώς και ιερά αρχιερατικά και ιερατικά άμφια μακαριστών αρχιερέων και ιερέων της μητροπόλεως και ενορίας μας.
Εκτός των άλλων πολύτιμων κειμηλίων, στο μουσείο μας ευρίσκεται χρυσοποίκιλτη ιερατική φορεσιά, η οποία δωρίθηκε ως τάμα στον Άγιο Σπυρίδωνα από την σύζυγο του Πρίγκηπος Γεωργίου του Β΄.
Στο βιβλίο επισκεπτών υπογράφουν καθημερινά ντόπιοι και ξένοι που το επισκέπτονται και το βλέπουν σαν ζωντανή μαρτυρία αγάπης και σεβασμού στην τοπική παράδοση και ιστορία και φεύγουν πιστεύομε με θετικές εντυπώσεις.
