Η συμμετοχή του Εμμανουήλ Μουντάκη στα δημοτικά πράγματα ξεκίνησε από τις εκλογές του 1906. Υποψήφιοι δήμαρχοι ήταν οι Εμμ. Σειραδάκης και Νίκος Σκαμνάκης (συντηρητικοί) χα.:ι ο Μεχμέτ Βέης Καοψζαδές (Βενιζελικός).
Ο νικητής του κινήματος του Θερίσου στόχευε στο άθροισμα Των αντιπολιτευόμενων και των μουσουλμανικών ψήφων. Μετά όμως την ακύρωση της υποψηφιότητας του Κασιμζαδέ, ο Βενιζέλος έμεινε χωρίς υποψήφιο δήμαρχο κι έτσι αποφάσισε να στηρίξει τον Σειραδάκη, βάζοντας στο συνδυασμό του πολλούς δημοτικούς συμβούλους και κατεβάζοντας δημαρχιακό πάρεδρο τον Εμμανουήλ Μουντάκη. (Οι πάρεδροι ήταν σαν τους σημερινούς αντιδημάρχους). Περιττό βέβαια να πούμε ότι ο συνδυασμός αυτός νίκησε άνετα. Ο ίδιος ο Μουντάκης εθριάμβευσε παίρνοντας 160 ψήφους παραπάνω από τον Δήμαρχο και 1.400 περισσότερους από τον αντίπαλό του δημαρχιακό πάρεδρο, επίσης γνωστό Χαλεπιανό, γιατρό Εμμανουήλ Τσεπέτη.
Μια από τις σημαντικότερες αποφάσεις που έλαβε το τότε Δημοτικό Συμβούλιο (το 1908), ήταν η δημιουργία νέας Δημοτικής Αγοράς. Ένθερμος υποστηρικτής της ιδέας ήταν και ο Μουντάκης, ο οποίος βοήθησε στην προώθηση των γραφειοκρατικών διαδικασιών, ως δημαρχεύων Χανίων, μετά την παραίτηση του Δημάρχου Σειραδάκη.
Σπουδαίο έργο του την περίοδο εκείνη ήταν η πλακόστρωση των δρόμων Ποτιέ (σημερινή Χάληδων), Μπετόλο μέχρι τη Σπλάντζια, να κατέβει στην παραλία (από τη σημερινή Δασκαλογιάννη) και μέχρι τον τότε φούρνο του Γιαννέ.
Στις εκλογές Τ0υ 1911 ο Μουντάκης έθεσε υποψηφιότητα για δήμαρχος πλέον. Είχε αντιπάλους απ’ τη μεριά των Χριστιανών τον παλαιότερα διορισμένο Δήμαρχο από τον Πρίγκιπα, Νίκο Σκαμνάκη και τον Διευθυντή του Κοινωφελούς Ταμείου, 1ωάννη Παπαδάκη. Απ” την μεριά των Μουσουλμάνων είχε το Ρεφήτ Βέη Χαμήτβεηζαδέ. Από την αρθρογραφία του τύπου της εποχής δημιουργήθηκε κλίμα αγωνίας, επειδή, όπως ισχυρίζονταν οι Μουσουλμάνοι ψηφοφόροι ήταν 1300 έναντι 3000 των Χριστιανών.
Έτσι εξαιτίας της πολυδιάσπασής τους, υπήρχε κίνδυνος να εκλεγεί μουσουλμάνος δήμαρχος. “Μετά από ισχυρές πιέσεις σειρά; προσωπικοτήτων, ο Παπαδάκης αποσύρθηκε.
Με μια έξυπνη, διπλωματική, κίνηση, ο Μουντάκης εξασφάλισε την υποστήριξη των συντηρητικών παραγόντων Φούμη, Ησυχάκη και Κατζουράκη. Έτσι, στις εκλογές πήρε 2778 ψήφους έναντι 1983 του Σκαμνάκη και 1570 του Ρεφήτ Βέη.
Πρώτος Δημοτικός σύμβουλος εξελέγη ο Κυριάκος Μητσοτάκης με 2790 ψήφους.
Στις 6 Ιουνίου έγινε η Εγκαθίδρυση της νέας Δημοτικής Αρχής.
Στις 7 Αυγούστου το Δημοτικό Συμβούλιο αποφάσισε να τεθεί ο θεμέλιος λίθος της Αγοράς, ακριβώς μια βδομάδα αργότερα.
Το Μάρτιο του 1912 ψηφίστηκε από το Δημοτικό Συμβούλιο σχέδιο σύμβασης για την κατασκευή «Τράμ» που θα συνέδεε το κέντρο της Πόλης με τις συνοικίες και τα περίχωρα (Χαλέπα – Σούδα σε πρώτη φάση). Το έργο αυτό μετά από πολύχρονες παλινδρομήσεις τελικά ναυάγησε, κυρίως λόγω της άρνησης χρηματοδότησής του από την κεντρική διοίκηση.
Τον ίδιο χρόνο έγινε και η κάλυψη του ανοιχτού οχετού που βρίσκονταν μέσα στα χεντέκια, ο οποίος περνούσε δίπλα από την Αγορά και κατέληγε στο Κουμ-Καπί (Φάληρο).
Ακολούθησαν οι διάφοροι πόλεμοι και οι ανώμαλες εσωτερικές καταστάσεις, και για το λόγο αυτό πολλά μεγαλεπήβολα σχέδια του Μουντάκη είτε ματαιώθηκαν, είτε τελμάτωσαν.
Χαρακτηριστική η περίπτωση της δημιουργίας της πλατείας Νέων Καταστημάτων για την οποία, μόλις το Νοέμβριο του 1920, δόθηκε από τη Διοίκηση το πράσινο φως μεταφοράς των οστών του εκεί μουσουλμανικού νεκροταφείου.
Τον Μάρτη του 1921 έφτασαν επιτέλους από την Ιταλία και τα εξαρτήματα του ρολογιού που δώρισε στο Δήμο ο τέως Γενικός Διοικητής Κρήτης Σωτήρης Κροκιδάς. Στο μεταξύ η βάση και η στήλη του ρολογιού καθυστερούσαν να γίνουν, επειδή κηρύχθηκε έκπτωτος ο εργολάβος. Το έργο αργοπόρησε κάποια χρόνια ακόμη, λόγω έλλειψη πιστώσεων.
Το Δεκέμβριο του,. 1921 η νέα συντηρητική κυβέρνηση καθαίρεσε το Μουντάκη από το δημαρχιακό αξίωμα και διόρισε στη θέση του τον πολιτευτή και αναπληρωματικό δ. σύμβουλο Εμμανουήλ Παπαγιαννάκη.
Μετά την κατάρρευση του μικρασιατικού μετώπου, το Σεπτέμβριο του 1922, ο Μουντάκης αποκαταστάθηκε στο αξίωμά του.
Αμέσως στρώθηκε στη δουλειά προσπαθώντας να βοηθήσει, όσο μπορούσε, τα κύματα των προσφύγων που κατέφθαναν στην Πόλη από τη Μικρασία.
Παράλληλα, και μετά από θετική εισήγηση των αρμόδιων μηχανικών, ξεκίνησε τη διαδικασία για την εκμετάλλευση των πηγών της Αγιάς, με την ίδρυση υδροηλεκτρικού εργοστασίου και την αξιοποίηση των νερών για ύδρευση της πόλης των Χανίων. Η σχετική μελέτη προέβλεπε ετήσια παραγωγή 1.400.000 κιλοβατώρων. από τρεις υδροστροβίλους. Την εργολαβία ανέλαβε ο Ηρακλειώτης μηχανικός Χατζηδάκης, ο οποίος συνεργαζόταν με τον οίκο «ομοντέο» του Μιλάνου.
Τον Ιούνιο του 1925 ο Μουντάκης ανεβαίνει στην Αθήνα για να προωθήσει στα αρμόδια υπουργεία την τυπική έγκριση εκτέλεσης των έργων, πράγμα το οποίο και πετυχαίνει. Το σχετικό διάταγμα δημοσιεύεται τον επόμενο μήνα.
Το Σεπτέμβριο του ίδιου έτους ξεκινάνε οι απαλλοτριώσεις των αναγκαίων εκτάσεων.
Στο μεταξύ (και μετά από 14 χρόνια) προκηρύσσονται δημοτικές εκλογές για τον Οκτώβριο του 1925. Ο Μουντάκης ζητά εκ νέου την ψήφο του Χανιώτικου λαού για να συνεχίσει και να ολοκληρώσει τα έργα του τα οποία και με σχετική προκήρυξη απαριθμεί:
*Υδροηλεκτρικά Αγιάς
*Ενίσχυση υδραγωγείων πόλης
*Αποπεράτωση οδοποιίας
*Συμπλήρωση και βελτίωση δικτύων υπονόμων
*Συνέχιση της κατεδάφισης των φρουρίων
*Διαπλάτυνση των δρόμων και εφαρμογή του ρυμοτομικού σχεδίου με την εκμετάλλευση και των ανταλλαξίμων
*Προσθήκη Ειδικών Παραρτημάτων στο Δημοτικό Νοσοκομείο Χανίων.
*Ίδρυση και επέκταση φιλανθρωπικών και θεραπευτικών ιδρυμάτων και
*Ανέγερση Δημαρχιακού Μεγάρου.
Υποψήφιοι δήμαρχοι κατέρχονται επίσης και οι Γεώργιος Αντωνίου Σήφακα (δικηγόρος – πολιτευτής) και Ιωσήφ Λεκανίδης.
Στις εκλογές αυτές, με τις ψήφους και των προσφύγων. ο Μουντάκης κατήγαγε νέα περιφανή νίκη, που γιορτάστηκε από τους φιλελεύθερους; οπαδούς του δεόντως στα Χανιά.
Αλλά και οι συγχωριανοί του στον Κεφαλά δεν υστέρησαν σε πανηγυρισμούς. Διαβάζουμε την είδηση σε μια τοπική εφημερίδα:
«Οι κάτοικοι του Κάτω Κεφαλά Αποκορώνου αναμένον μετά ανυπομονησίας τα αποτελέσματα από το εσπέρας της Κυριακής, συγκεντρωθέντες εις τι καφενείον. Ήρκει να αφιχθεί το πρώτον αυτοκίνητον και να ακουσθούν εκ μέρους των επιβατών «Ζήτω ο Μουντάκης», «Μούνταρος – Μούνταρος» και οι κάτοικοι του χωρίου να επαναλάβουν τας ζητωκραυγάς. ”Ηρχισεν αμέσως διασκέδασις και περί το εσπέρας ερρίφθησαν και κανονιοβολισμοί». .
Από τα σημαντικότερα έργα της τελευταίας τετραετίας ήταν: Η αποπεράτωση και λειτουργία του Υδροηλεκτρικού έργου της Αγιάς, στη θεμελίωση αλλά και στα επίσημα εγκαίνια του οποίου παρέστη ο ίδιος ο Ελευθέριος – Βενιζέλος. Η οργάνωση επίσης υδραγωγείων στη Χαλέπα, τη Νέα Χώρα και . τον Άγιο Ιωάννη. Η επέκταση της πόλης με τη θέσπιση πρωτοποριακής ρυμοτομίας τη δημιουργία πλατειών, τη χάραξη δρόμων σε μεγάλη κλίμακα και την ασφαλτόστρωση καθώς και τον ηλεκτροφωτισμό τους. Η επέκταση και ο καλλωπισμό του Δημοτικού Κήπου. Η καθιέρωση στην πόλη Λαϊκής Αγοράς, κ.ά..
Σε χανιώτικη εφημερίδα της εποχής αναγράφεται η είδηση ότι η Στατιστική Υπηρεσία του Υπουργείου Εσωτερικών κατέταξε το Δήμο Χανίων, από άποψη έργων, πρώτο σ” όλη την Ελλάδα, μετά το Δήμο Πατρέων.
Τα 23 όμως χρόνια της δημαρχιακής του δράσης είχαν κουράσει τους συμπολίτες του. Αντίπαλο στις εκλογές του 1929 είχε τον πρώτο ανιψιό του Ιωάννη Κ. Μουντάκη, δυσαρεστημένο κι αυτόν από την πολιτική του. Το κόμμα των Φιλελευθέρων τοπικά ήταν διχασμένο. Τον θείο, υποστήριζαν οι Βολουδάκης, Μαρκαντωνάκης, Πολυχρονίδης και Μπακλατζής, Τον ανιψιό μια σειρά από προσωπικότητες ευρείας αποδοχής όπως: Κυριάκος Μητσοτάκης, Χαράλαμπος Πλουμιδάκης, Μανούσος Κούνδουρος, Μιχάλης Σαββάκης, Αντώνης Κατζουράκης, Εμμανουήλ Παπαγιαννάκης, Ιωάννης Παπαδοπέτρος, Γεώργιος Σήφακας, Νικόλαος Σκουλάς κ.ά. Στις εκλογές ο Εμμανουήλ Μουντάκης μειοψήφησε σε όλα τα εκλογικά τμήματα. Ο Ιωάννης Μουντάκης θριάμβευσε με 60%.
Ο ίδιος σχολίασε πικρόχολα το αποτέλεσμα ως εξής: «Οι συμπολίτες μου βαρυνθέντες να με ακούουν Δήμαρχον επί είκοσι τρία έτη, με καταψήφισαν … Εύχομαι η πόλις εν τω προσώπω του νέου Δημάρχου, τον ανιψιού μου} να εύρη τον Δήμαρχον τον οποίον εφαντάζετο ότι δεν είχεν. Εύχομαι επίσης το νέο δημοτικό καθεστώς να μη διαψεύση τόσον ενωρίς, όσο φοβούμαι, τας ελπίδας τας οποίας επ’ αυτού στηρίζει ο λαός».
Για το ίδιο θέμα σε επιστολή του το 1950 προς τον Παύλο Μουντάκη, γράφει χαρακτηριστικά: «Καταψηφισθείς υπό των συμπολιτών μου και απομακρυνθείς από το Δήμο, αφήκα έργα μεγάλα, καλά και ωφέλιμα. Προς δε αφήκα τα ταμεία του Δήμου πλούσια.,ώστε να δύναται να προχωρήσει ούτος εις έργα χρήσιμα και ωραία. Έκτοτε όμως ουδεμία σημαντική πρόοδος παρετηρήθη».
Μπορεί να έχασε τις εκλογές ο Μουντάκης όμως δεν αποστασιοποιήθηκε από τα πολιτικά δρώμενα.
Μετά την απελευθέρωση, όντας ήδη 78 ετών, αποσύρθηκε από τα κοινά ασχολούμενος, όπως χαρακτηριστικά γράφει, «με την ανθοκομία και την κηπουρική».
Απεβίωσε πλήρης ημερών στις 10 το πρωί του Σαββάτου 3 Οκτωβρίου Ι953, μετά από εξαήμερη πάλη με το θάνατο. Κηδεύτηκε «δημοτική δαπάνη» στο νεκροταφείο της Αγίας Φωτεινής. . Στη νεκρώσιμη ακολουθία χοροστάτησε ο συμπολεμιστής και συμμαθητής του, επίσκοπος Χανίων Αγαθάγγελος βοηθούμενος από τον τότε αρχιμανδρίτη και μετέπειτα Μητροπολίτη Κισάμου και Σελίνου Ειρηναίο Γαλανάκη.
Λόγους εξεφώνησαν ο επίσκοπος, ο Δήμαρχος Ν. Σκουλάς, ο πρόεδρος του Ιατρικού Συλλόγου Στυλιανάκης και ο δικηγόρος και στενός συνεργάτης και φίλος του Αντώνιος Αρετάκης, ο οποίος μεταξύ άλλων τόνισε: «Το έργο του ως Δημάρχου είναι ζωντανό και φωτεινό. Ήτο εμπνευσμένος από το ιδεώδες να κάμει τα Χανιά σύγχρονη πόλιν και αφιέρωσε για τον σκοπό αυτό και τηv τελευταία ικμάδα των δυνάμεων του, καίτοι αντίκρυζε σοβαράς δυσκολίας απ6 την μικροπολιτικήν και από ορισμένα ισχυρά συμφέροντα. Ήτο αγωνιστής και με άκαμπτον θέλησης επροχώρει. Δεν ελύγισεν ποτέ….».
Ελλωτία , Χανιά 2006 , Τόμος 11 (σελ. 176-182)